Berlatar belakang di dunia Pararel, tahun 1972 ditemukannya sebuah Hyper Gate saat misi Apollo ke Bulan. Setelah diselidiki Hyper Gate tersebut adalah sebuah alat yang berfungsi sebagai gerbang yang dapat menghubungkan antara Mars dengan Bulan, sejak penemuan gerbang tersebut, Manusia banyak berpindah ke Mars dan mulai menetap disana.
Karena banyaknya manusia yang telah bermigrasi ke Mars membuat terbentuknya sebuah kekaisaran yang bernama Vers di planet Mars. Setelah penemuan Hyper Gate dibulan, kini manusia menemukan suatu benda teknologi peninggalan masa lalu, benda tersebut bernama Aldnoah, Aldnoah merupakan relik teknologi yang telah lama berusia 30 ribu tahun.
Penemuan Aldnoah merupakan awal terjadinya konflik antara Kekaisaran Vers dengan Bumi, tahun 1999 terjadi sebuah tragedi Heaven’s Fall, dimana Pasukan Vers menyerang Bumi. Akibat dari perang tersebut menyebabkan Hyper Gate di bulan tak terkendali dan membuat hancur separuh permukaan satelit disana.
Perang telah usai 15 tahun yang lalu, dan semua keadaan telah menjadi seperti sedia kala, sejak kejadian tersebut, Kataphrakt (Mecha Unit) menjadi sebuah pelajaran yang wajib disekolah untuk mengantisipasi hal yang tak diinginkan terulang kembali.
Sekarang Mars dan Bumi telah menjalin kesepakatan damai, dan tahun 2014, putri Vers Alleysium berkunjung ke bumi guna menjalin hubungan diplomatik di bumi agar kesepakatan antara ke-2 planet tersebut lebih erat.
Namun, saat ia berkunjung disana, iring-iringan mobil putri Vers Alleysium diserang oleh teroris, hal itu membuat geram kekaisaran Vers dan membuat konflik yang dulu antara kedua Planet itu terulang kembali. Sedikit demi sedikit, Vers mulai membangun pangkalan terbang untuk membalas serangan yang terjadi terhadap tuan putri. Keadaan pun semakin memanas.
