Britannia merupakan kerajaan terbesar yang telah hampir menguasai sepertiga dunia, senjata andalan yang mereka gunakan ialah Knightmare Frame, sebuah robot yang digunakan untuk berperang yang dipersenjatai senjata yang lengkap. Kini jepang telah jatuh ke tangan Britannia, semua warga jepang telah tunduk kepada kerajaan tersebut beserta kebebasan mereka. Orang-orang jepang sekarang tak boleh lagi memakai nama jepang mereka yang sekarang dipanggil dengan nama Eleven dan jepang sendiri sekarang dinamakan 11 (Area 11). Bercerita tentang seorang anak yang bernama Lelouch Lamperouge. Ia dan adiknya sekarang dibuang oleh ayahnya sendiri yang tak lain adalah Raja Britannia tak lama setelah ibunya meninggal, Marianne vi Britannia. Adiknya Lelouch, Nunally kini mengalami buta dan lumpuh karena melihat kematian ibunya. Kini Lelouch dan adiknya tinggal disebuah sekolah dijepang. Leluoch yang memiliki rasa dendam yang sangat besar terhadap Ayahnya karena membiarkan ibunya mati dan membuang dirinya bersama adiknya sembari berjanji di hadapan sahabatnya, Suzaku Kururugi kalau dirinya ia akan menghancurkan Britannia dengan tangannya sendiri. Suatu saat ketika Leluoch pergi kesuatu tempat, ia dihadapkan dengan peperangan antara teroris dengan Britannia, ia terkepung dan bertemu dengan gadis aneh yang menyebut dirinya C.C, C.C ingin membuat kontrak dengan Luloch dan memberikannya kekuatan bernama Geass. karena terpojok, leluoch akhirnya bersedia membuat kontrak dengan gadis tersebut dan mendapat kekuatan Geass. Geass merupakan kekuatan spesial yang didapatkan setelah seseorang membuat kontrak dengan penyihir abadi, kekuatan setiap Geass berbeda-beda dan biasanya Geass ditanam dibagian Mata. Dari sinilah cerita dimulai.